《陌生人6》的故事发生在未来的韩、中、日三国经济共同区域——大连。三国情报当局获知以大连为震中，5年内极有可能发生一场毁灭性的大地震，威胁到三国乃至整个亚洲的存亡。而唯一能阻止这场大地震的方法是在大连机场地下设置特殊装置，将能源排放到地壳之外。三国为此决定秘密进行工程。但有一股黑暗势力企图暗杀工程相关负责人、阻止工程、泄露秘密。于是，三国情报当局各派出2名要员，与这股黑暗势力展开斗争。